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婴儿智力低下的原因有很多。一般来说，它可以分为两种类型: 真智力低下和假智力低下。假性智力低下，虽然智力低下，但对神经系统无明显损害，消除病因后会恢复正常智力水平。如果能及早发现和治疗真正的智力低下，智力仍有希望恢复。前者多与疾病和环境营养有关，后者则多与遗传有关。
遗传因素是严重智力低下的主要原因之一。在发达国家，由遗传性疾病引起的智力低下占严重智力低下总数的一半以上。
如果孕妇在怀孕的前4个月感染了风疹病毒、流感等病毒性疾病，对胎儿和宝宝的危害很大，会造成胎儿先天畸形和智力低下。
先天性愚蠢，又称唐氏综合症，是由染色体异常引起的。愚蠢的疾病也称为先天性甲状腺功能不全。由于甲状腺发育异常不能合成甲状腺素，影响大脑发育。苯丙酮尿症是由于酶的缺陷，摄入的苯丙氨酸的代谢受阻，引起脑细胞功能障碍。猫叫声综合症是由于体内的染色体问题。
早期的社会隔离、情感剥夺、缺乏母爱、无人看管、文化隔离、不恰当的教学方法等都会影响孩子的智力水平。在社会经济地位高、家庭结构稳定、母亲受过良好教育的家庭中，孩子的智力水平高于相关条件差的家庭。其他因素，如家庭大、孩子多、生育间隔短、双胞胎和父母离异等，都对孩子的智力发育有直接影响。
辐射，无论是x射线还是其他辐射，都可以阻止胚胎发育，然后畸形。胚胎受辐射影响的程度取决于辐射的类型和剂量，辐射时的发育阶段以及胚胎对辐射的敏感性。
重金属，如高铅含量，容易发生不孕、自然流产、低出生体重儿，而婴儿则有发育迟缓、智力低下。
研究表明，孕期营养不良是造成胎儿宫内发育迟缓的主要原因之一。母亲营养不良的地方儿童的身体发育明显缓慢，这些儿童往往伴有智力低下、行为障碍或其他障碍。
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